La Corporación concibe la investigación formativa como un eje transversal para desarrollar la creatividad y la innovación, buscando formar a los estudiantes en la cultura investigativa mediante la creación de los semilleros de investigación en los programas académicos. En la actualidad Unicomfacauca cuenta con 21 semilleros de Investigación, distribuidos, tanto en la zona norte del departamento con 6 semilleros, como en la sede Popayán, con 15.
La investigación formal se enfoca al desarrollo de proyectos de investigación que aporten al progreso regional y nacional. En la actualidad Unicomfacauca cuenta con 7 grupos de investigación Institucionales, seis de ellos clasificados y reconocidos por Colciencias en la convocatoria de medición 2017, los cuales son: Grupo Sistemas inteligentes (Ingeniería Mecatrónica), Grupo Cadenas de Valor (Ingeniería Industrial, Tecnología Agroambiental), Grupo TIC-Unicomfacauca (Ingeniería de Sistemas), grupo Ciencias de la Gestión (Contaduría Pública y Derecho), grupo Calidad y Pertinencia de la Educación Superior (Grupo transversal) e InvestigArte (Tecnología en Gestión Gastronómica).
1. Para el fomento de la investigación formativa y formal en la Corporación, la Dirección de Investigaciones ha diseñado y coordina 7 convocatorias anuales.
2. Para financiar proyectos tipo UEES (Universidad-Empresa-Estado-Sociedad) de Grupos de Investigación.
3. Para financiar proyectos de semilleros de Investigación.
4. Jóvenes investigadores (contratación por un año para desarrollar un proyecto de Investigación).
5. Para financiar la edición y publicación de material docente.
6. Para reconocimiento por labor investigativa a docente, estudiante y egresado.
7. Para asignar estímulos por producción en Investigación (ventanilla abierta).
En cuanto a la divulgación de los resultados de Investigación, el Sello Editorial de Unicomfacauca ha establecido alianzas estratégicas con sellos editoriales universitarios reconocidos a nivel nacional e internacional, para la publicación de libros resultado de investigación cuyo impacto y divulgación trascienda el ámbito regional.
De este modo, cuenta con dos revistas: I+T+C, de la Facultad de Ingeniería y Perspectivas, de la Facultades de Humanidades, Artes, Ciencias Sociales y de la Educación y Ciencias Económicas, las cuales se publican anualmente siguiendo los estándares de calidad establecidos por Publindex y los más altos criterios en el proceso de evaluación, con artículos nacionales e internacionales y con comités científicos y editoriales conformados por investigadores internacionales de reconocida trayectoria.
Por otro lado, desde la Dirección de Investigaciones se coordina la celebración de tres eventos anuales de divulgación y visibilización de la Investigación en la Corporación, los cuales son: El encuentro Unicomfacaucano de Semilleros de Investigación, la Semana de la Ingeniería (evento de índole internacional) y el evento anual de las Facultades de Humanidades, Artes, Ciencias Sociales y del educación y Ciencias Económicas.